Unter einem Flughafensystem versteht sich der Zusammenschluss von zwei oder mehreren Flughäfen, die als Einheit dieselbe Stadt oder dasselbe Ballungsgebiet bedienen. Voraussetzung für ein Flughafensystem ist eine gewisse infrastrukturelle Anbindung der einzelnen Flughäfen untereinander.
In der Regel existieren ein Primärflughafen, der den meisten Flugverkehr in dieser Region aufweist, und ein oder mehrere Sekundärflughäfen, deren Anteil zwischen 10 % und 50 % des Verkehrs des Primärflughafens beträgt. Mit diesen Flughafensystemen möchten die Flughafenbetreiber den Bewohnern einer Region einen größeren Streckenzugang ermöglichen und zugleich eine Verkehrsverteilung bzw. eine Entlastung herbeiführen. Darüber hinaus beheimaten die einzelnen Flughäfen unterschiedliche Luftverkehrsarten. Die entsprechenden Leistungsmerkmale sollen von den Flughafenbetreibern gezielt gefördert werden, damit das System optimal und effektiv gestaltet werden kann.
Um die Bezeichnung Flughafensystem offiziell führen zu dürfen, müssen die Mitgliedsstaaten der EU ein solches System nach der Verordnung Nr. 2408/92 Artikel 8 Absatz 5 anmelden. Bislang wurden bereits neun Flughafensysteme von der EU-Kommission genehmigt, die geografisch zu einem Ballungsgebiet bzw. zu einer zusammenhängenden Region gehören und dort wirtschaftlich agieren. Das Flughafensystem Frankfurt, welches aus den Flughäfen Frankfurt/Main sowie Frankfurt-Hahn besteht, wurde 2002 beantragt. Bislang fehlt jedoch die Genehmigung.
Die britische Hauptstadt London verfügt über ein Flughafensystem mit insgesamt fünf Flughäfen, darunter vier internationale Verkehrsflughäfen (Heathrow, Gatwick, Stansted und Luton) und ein Regionalflughafen (City). Diese haben sich auf verschiedene Kundengruppen spezialisiert. Die Flughäfen Heathrow, Gatwick und Stansted gehören noch zur Flughafenbetreibergesellschaft BAA, die 2006 von dem spanischen Baukonzern Ferrovial übernommen wurde.